Trường THCS Bình Khánh được thành lập năm 2001, trước đây là Trường cấp II và cấp III Bình Khánh. Kế thừa truyền thống của thế hệ đi trước, gần 20 năm qua, nhà trường đã từng bước vươn lên phát huy truyền thống dạy tốt, học tốt, tô thắm cho sự nghiệp phát triển giáo dục huyện Cần Giờ.
Thực hiện chương trình phát triển giáo dục và đào tạo của huyện đến năm 2020 và Đề án xây dựng trường đạt chuẩn Quốc gia trên địa bàn huyện giai đoạn 2010 - 2015, Trường THCS Bình Khánh đã được đầu tư xây dựng mới và đã hoàn thành đưa vào sử dụng trong năm học 2015 - 2016. Trên tổng diện tích 16.204 m2, trường được xây dựng theo mô hình 1 trệt 1 lầu và 1 trệt 2 lầu gồm 34 phòng học, phòng học bộ môn, phòng chức năng, được trang bị đầy đủ các thiết bị và đồ dùng học tập đáp ứng tốt nhu cầu giảng dạy và học tập của thầy và trò.
Cùng với tăng cường cơ sở vật chất, nhà trường luôn chú trọng rèn luyện phẩm chất đạo đức, nâng cao trình độ chuyên môn cho đội ngũ nhà giáo. Hiện nay, Trường THCS Bình Khánh có 63 giáo viên; trong đó 100% đạt chuẩn, 90,47% trên chuẩn, 11 đồng chí đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở.
Trong những năm học gần đây, Ban Giám hiệu nhà trường đã chỉ đạo triển khai thực hiện nhiệm vụ, kế hoạch, chương trình giáo dục theo chuẩn kiến thức kỹ năng, tích cực đổi mới phương pháp dạy học theo hướng phát huy tính tích cực, chủ động, sáng tạo của học sinh; tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác dạy học và quản lý; sử dụng triệt để và có hiệu quả đồ dùng dạy học, thực hành thí nghiệm, liên hệ thực tế trong giảng dạy phù hợp với nội dung từng bài học.
Bên cạnh đó, nhà trường đã triển khai có hiệu quả phong trào thi đua xây dựng “Trường học thân thiện, học sinh tích cực”, giáo dục tích hợp lồng ghép các nội dung về bảo vệ môi trường, an toàn giao thông, thực hành tiết kiệm điện năng, chống biến đổi khí hậu... ; tăng cường giáo dục giá trị sống, kỹ năng sống cho học sinh... nên chất lượng hai mặt giáo dục đã có tiến bộ rõ rệt.
Từ sự tận tụy, cống hiến hết mình của đội ngũ cán bộ giáo viên, Trường THCS Bình Khánh đã không ngừng vươn lên, khẳng định chất lượng giáo dục. Năm học 2018 - 2019, nhà trường có 1.302 học sinh, 100% học sinh tốt nghiệp THCS; 99,68% học sinh xếp loại hạnh kiểm Tốt; 52 học sinh giỏi cấp huyện; 3 học sinh giỏi cấp thành phố; 26 học sinh đạt giải VTM cấp thành phố; hiệu suất đào tạo đạt 88,42%.
Với những thành tích đạt được, nhiều năm liền Trường THCS Bình Khánh đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc; được UBND Hồ Chí Minh tặng Cờ thi đua năm học 2012 - 2013, 2014 - 2015, 2017 - 2018 và Bằng khen các năm 2012 - 2013, 2014 - 2015, 2016 - 2017. Đặc biệt, nhà trường vinh dự và tự hào được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen cho những thành tích nổi bật thời gian qua.
Trong thời gian tới, thầy và trò Trường THCS Bình Khánh sẽ tiếp tục phát huy truyền thống thi đua dạy tốt, học tốt, lập những thành tích mới trong dạy và học, đóng góp ngày càng hiệu quả vào sự nghiệp trồng người huyện Cần Giờ nói riêng, thành phố mang tên Bác nói chung trong xu thế hội nhập và phát triển giáo dục.