Với tinh thần đoàn kết, quyết tâm, trí tuệ và sáng tạo, công tác Đoàn và phong trào thanh niên của Đoàn Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch những năm qua đã đạt được nhiều thành tích xuất sắc trên nhiều lĩnh vực. Hoạt động của Đoàn Thanh niên trường luôn được các cấp ủy Đảng, Đoàn cấp trên và đoàn viên sinh viên ghi nhận, đánh giá cao.
Năm 2008, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch được thành lập trên cơ sở đổi tên từ Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng cán bộ y tế TP Hồ Chí Minh và đến năm 2010 được công nhận là Đoàn cơ sở trực thuộc Thành đoàn TP Hồ Chí Minh. Đồng hành cùng sự phát triển của nhà trường, Đoàn trường đã từng bước trưởng thành vững mạnh, hiện có 60 Chi đoàn trực thuộc, tổ chức thành 4 Liên chi Đoàn theo hướng phát triển thành Đoàn khoa; quản lý 6.254 đoàn viên.
Anh Hà Thanh Đạt - Bí thư Đoàn Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch cho biết: “Hàng năm, Đoàn trường phối hợp với Hội Sinh viên tổ chức các hoạt động tình nguyện và đã để lại những dấu ấn nổi bật. Phong trào tình nguyện của đoàn viên, sinh viên nhà trường cũng không ngừng lớn mạnh, mang tính sáng tạo, trí tuệ, chủ động và thiết thực. Các hoạt động đã triển khai trong phong trào tình nguyện như: Chiến dịch Xuân tình nguyện, chiến dịch tình nguyện Mùa hè xanh; tổ chức định kỳ 4 đợt hiến máu tình nguyện mỗi năm học, vận động được hơn 1.500 đơn vị máu hiến mỗi năm... đã khơi dậy trong đoàn viên, thanh niên tinh thần nhiệt huyết, xung kích, luôn sẵn sàng cống hiến và sẻ chia”.
Bên cạnh các hoạt động giáo dục tư tưởng nhằm giúp đoàn viên, sinh viên nhà trường luôn giữ vững bản lĩnh chính trị, có phẩm chất đạo đức tốt, trung thành với lý tưởng cách mạng và chế độ XHCN mà Đảng, Bác Hồ đã lựa chọn, Đoàn trường thường xuyên tổ chức các hoạt động nhằm tạo nên phong trào thi đua sôi nổi trong học tập và nghiên cứu khoa học của đoàn viên sinh viên như thành lập và tổ chức hoạt động của các CLB học thuật và hội thi học thuật như: CLB Dinh dưỡng với hội thi “Dinh dưỡng ứng dụng”, CLB Ngoại khoa với hội thi “Nhà Ngoại khoa trẻ”, CLB Hoa sứ trắng với cuộc thi Tìm hiểu về các kỹ năng sơ cấp cứu; hội thi học thuật “Ngọn đèn Florence” của Liên chi đoàn Khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật y học; hội thi “Ý tưởng sáng tạo trẻ - PNT Ideas năm 2018”; hội thi Viết chuyên đề Y khoa và đề cương nghiên cứu khoa học PNT 25+; Giải thưởng Sinh viên nghiên cứu khoa học - Euréka năm 2018... Đồng thời, thường xuyên giới thiệu sinh viên tham gia các chương trình giao lưu quốc tế, thông qua đó giới thiệu và mời gọi sinh viên quốc tế về tham dự hoạt động tại đơn vị như: Tham dự Chương trình Giao lưu sinh viên ASEAN - Ấn Độ 2018 đợt 2 (AISEP 2018); tham dự Lễ hội Văn hóa Giáo dục Quốc tế Thanh niên 2018 (ICF 2018) tại Campuchia; tham dự Liên hoan Thanh niên Yown Puraya năm 2018 tại Sri Lanka; tham dự Chương trình Giao lưu sinh viên ASEAN - Ấn Độ 2018 đợt 1 (AISEP 2018)...
Với vai trò là cánh tay đắc lực của Đảng, hàng năm, Đoàn trường tham mưu, đề xuất với Đảng ủy và cùng Đảng ủy tổ chức lớp học bồi dưỡng nhận thức về Đảng. Công tác giới thiệu Đoàn viên ưu tú cho Đảng phát triển được thực hiện hiệu quả. Hàng năm, luôn đạt và vượt tỷ lệ 30% Đoàn viên ưu tú được phát triển Đảng và tỷ lệ 70% Đảng viên mới được kết nạp từ Đoàn viên ưu tú.
Từ những thành tích đạt được, nhiều năm liền Đoàn Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch được tặng danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc; được UBND TP Hồ Chí Minh tặng Cờ thi đua xuất sắc và nhiều Bằng khen hoàn thành nhiệm vụ năm học, Bằng khen về thành tích giải thưởng như: Bằng khen về thành tích Giải nhất - Bảng A, Hội thi Olympic các môn khoa học Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh “Tầm nhìn xuyên thế kỷ” lần thứ VII, năm 2015.
Hiện nay, Đoàn Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đang được đề nghị Thủ tướng Chính phủ xét tặng Bằng khen. Phần thưởng cao quý này là động lực quan trọng để Đoàn trường tiếp tục phấn đấu, kiên định với mục tiêu xây dựng thế hệ trẻ Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch vững vàng về chính trị, khỏe đẹp về thể chất, có trí tuệ sáng tạo và tâm hồn trong sáng để đóng góp vào thành công chung của nhà trường trong sự nghiệp giáo dục và đào tạo, cũng như vững bước hội nhập và kiến tạo tương lai.